في أواخر الثمانينيات، بدأت مجموعة من الشباب المؤمنين المتحمسين الذين يتحدثون العربية من أصول شرق أوسطية خلية مسيحية صغيرة غير رسمية في منازلهم في مدينة تورونتو. كان هدفهم الأساسي هو تاسيس مجتمع روحي يغذي احتياجاتهم الروحية ويمنحهم الشركة المسيحية. ثم في عام ١٩٩٠ أسسوا رسميًا كنيسة جديدة ناطقة بالعربية، ودعوا راعيهم الأول لقيادتها، والتي دعت الكنيسة الشرق الأوسط المعمدانية
في البداية، اجتمعت الكنيسة في مدينة تورونتو حتى عام ١٩٩٧ حيث عاشت غالبية المجموعة في أواخر الثمانينيات وأوائل التسعينات. مع ذلك، وبسبب الإيجار المتاح، انتقلت الكنيسة إلى مدينة ميسيساجا في ١٩٩٧. كانت رؤية الكنيسة خلال الفترة الانتقال بشكل استراتيجي الى منطقة فيها جالية كبيرة ناطقة بالعربية، وهذا ما حدث في عام ٢٠٠٠ عندما انتقلت الكنيسة إلى مبناها الحالي في قلب مدينة ميسيساجا
في عام ٢٠١١ بارك الله كنيسة الشرق الأوسط بزراعة أول كنيسة ابنة في تورنتو بعد عامين من تأسيس العديد من الخلايا المنزلية، مما أدى إلى ولادة كنيسة المخلص المعمدانية. في نفس الوقت تقريبًا، بدأت كنيسة الشرق الأوسط خدمتها الإنجليزية للجيل الثاني من أصول شرق أوسطية الناطقين باللغة الإنجليزية. وفي عام ٢٠١٨ دعت الخدمة الإنجليزية أول قسيس ناطق باللغة الإنجليزية.